Pada Hari Rabu, 2 Desember 2009 Pukul 10.55, Br. Eustasius menghadap Bapa dengan tenang di RS.St.Elisabeth Semarang.Sebelumnya pada hari Kamis,yang lalu tanggal 26 November 2009, beliau menerima Sakramen Minyak Suci dari Romo Servasius Samuel Pr.
Br. Eustasius semasa hidupnya dikenal sebagai bruder yang tangguh, berpendidikan, serius dalam mengemban tugas penting dalam Kongregasi. Keteladanan hidup tidak hanya menjadi semboyan saja, namun konkret dikerjakan, baik itu dalam Kongregasi maupun dalam hidup bermasyarakat.
Mengenai kesehatannya, ketika beliau masih tinggal di Komunitas Muntilan, kesehatan Br. Eustasius mengalami penurunan drastis. Pada tanggal 10 Maret 2009, Br. Eustasius mulai menjalani perawatan di Rumah Sakit (RS) Elisabeth Semarang. Untuk memudahkan kontrol ke RS Elisabeth, Br. Eustasius mulai tanggal 31 Maret 2009 tinggal di Wisma Bernardus Semarang. Pada tanggal 6 Oktober 2009, Br. Eustasius masuk RS Elisabeth Semarang.
Dari Surga Br. Eustasius memberi kekuatan dan semangat kepada kita untuk terus mengobarkan kesetiaan akan panggilan hingga akhir hayat. Kali ini pula kasih Allah kembali mengalir dengan lancar dalam dinamika keanggotaan FIC, dengan seorang anggotanya yaitu Br. Eustasius Wiryomartoyo, yang menjadi pengantara kekal kita di hadirat Allah. Beliau telah menyerahkan hidupnya sepenuhnya pada Sang Sumber Pengharapan, Yesus Kristus, untuk dibangkitkan bersama-sama Dia.
Untuk acara pemakaman: Hari Kamis, 3 Desember 2009, pukul 07.00, jenazah Br. Eustasius diberangkatkan dari Bruderan Candi Semarang ke Bruderan Ambarawa. Di Kapel Bruderan Ambarawa, pukul 10.30 diselenggarakanlah Misa Requiem sebagai penghormatan terakhir kepada Br. Eustasius. Selanjutnya, jenazah dimakamkan ke tempat peristirahatannya di Kompleks Makam Para Bruder FIC di Ambarawa.
Tugas-tugas yang pernah diemban oleh Br. Eustasius :
• Tahun 1946, beliau bertugas di Boro, sebagai Kepala SD Bruderan.
• Tahun 1947, bertugas di Surakarta, sebagai guru SD Bruderan.
• Tahun 1948, bertugas di Randusari - Semarang, sebagai guru SD Tarcisius.
• Tahun 1949 - 1951, bertugas di Randusari - Semarang menempuh studi di SGA Don Bosko.
• Tahun 1951 - 1956, bertugas di Muntilan sebagai guru dan Kepala SGB Muntilan.
• Tahun 1956 - 1960, bertugas di Yogyakarta sebagai Kepala SMP Bruderan.
• Tahun 1960, tugas studi di Wimbledon - Inggris, Kursus Bahasa Inggris.
• Tahun 1961 - 1966, bertugas di Randusari - Semarang, sebagai anggota Dewan Provinsi.
• Tahun 1966 - 1973, bertugas di Muntilan, sebagai Pembina Sekolah.
• Tahun 1974 - 1975, bertugas di Tumbang Titi - Kalimantan Barat, sebagai Pembina Sekolah.
• Tahun 1976 - 1979, bertugas di Ketapang - Kalimantan Barat, bertugas sebagai Kepala SMP Bruderan.
• Tahun 1980, mengikuti Kursus Spiritualitas EAPI di Manila - Filipina.
• Tahun 1981, bertugas di Postulat - Muntilan.
• Tahun 1982 - 1983, bertugas di Sedayu sebagai guru SMP dan SPG.
• Tahun 1984 - 1985, bertugas di Salam/Mandungan - Muntilan, sebagai guru SMP.
• Tahun 1985 - 1986, bertugas di Ketapang - Kalimantan Barat, sebagai guru SMP dan SMA.
• Tahun 1987 - 1998, bertugas di Tanjung - Kalimantan Barat, sebagai guru SMP dan pendamping asrama.
• Tahun 1999 memasuki masa pensiun dan tinggal di Komunitas Muntilan sampai dengan tanggal 10 Maret 2009.
• Tanggal 31 Maret 2009, beliau mulai tinggal di Wisma Bernardus Semarang.